La société Cytomine commercialise des produits et services liés au logiciel open source Cytomine, gère sa communauté et coordonne son développement.

Elle propose des services pour permettre à ses clients d'utiliser le logiciel (hébergement, installation, configuration...) ou d'en étendre les fonctionnalités (développement de fonctionnalités spéciales, intégration dans un réseau et un environnement d'entreprise, etc.).

Cytomine développe également des algorithmes d'apprentissage automatique sur demande, adaptés aux besoins spécifiques des clients.

Pour certains marchés spécifiques, tels que le diagnostic de routine dans les hôpitaux, elle travaille en partenariat avec des entreprises bien établies.